事业单位的业务运行要实行严密的计划管理。一提计划，一些人总喜欢与传统的计划管理体制相联系。实际上改革开放之前的所谓传统计划经济管理体制是指令性的“统制”经济、“命令”经济，并非严格意义的计划经济。经济越发展，社会化程度越大，对计划的要求越迫切，尤其是与财政预算直接关系的政府行为，对其预见性、计划性的严密程度提出了更高的标准。
作为政府部门委托办理具体事务的事业单位，其存在的意义就在于能够操办政府交给的事务，所以研究运行机制就要围绕着如何办好这些事务来考虑。具体来说，事业单位需明确办理什么事务，办理多少事务，如何办理这些事务。
办理什么事务，即要弄清楚所办事务范畴、性质、目的及要达到的标准。范畴，即事务的名称，包括说明事务概念的内涵和反映事务口径范围的外延。如学校所要办理的事务是教育，还要弄清什么教育，如小学教育、中学教育、大学教育、成人教育、特殊教育等等，并要进一步明确教育的空间范围，如对哪一行政区域或学区内教育对象的教育。性质，即事务的属性特征。如教育是义务教育，还是非义务教育。目的，即从事该事务的意义和落脚点，如初等义务教育的目的是使受教育者在身心健康，智力开发，品德培养等方面全面受益，为其健康成长奠定良好基础。标准，即所办事务要达到的基本要求，一般可用若干指标去衡量。总之，每个事业单位对自身所要完成的事业必须十分明确，要对其有个全面透彻的认识，这是完成政府所交付任务的前提条件。在这方面，目前存在的问题很大，各个单位对自身所从事的事业并没有完全认识清楚，特别是当把注意力都集中在自身的经济利益时，这种认识可能就会发生较大的偏差。这一点在教育、医疗卫生等领域表现得极为突出，当他们肆无忌惮地乱收费的时候，似乎把所要从事的事业只是锁定在“收费”上了。这些单位就像高速公路的收费站，只是在收费站的前面冠上了“教育”、“医疗”等字样罢了。