农业转基因生物安全管理制度
部际联席会议制度。国务院建立农业转基因生物安全管理部际联席会议制度。农业转基因生物安全管理部际联席会议由农业、科技、环境保护、卫生、外经贸、检验检疫等有关部门的负责人组成，负责研究、协调农业转基因生物安全管理工作中的重大问题。
分级管理评价制度。国家对农业转基因生物安全实行分级管理评价制度。农业转基因生物按照其对人类、动植物、微生物和生态环境的危险程度，分为I、II、皿、IV四个等级。具体划分标准由国务院农业行政主管部门制定。
安全评价制度。国家建立农业转基因生物安全评价制度。农业转基因生物安全评价的标准和技术规范，由国务院农业行政主管部门制定。
标识制度。国家对农业转基因生物实行标识制度。实施标识管理的农业转基因生物目录，由国务院农业行政主管部门商国务院有关部门制定、调整并公布。
从事农业转基因生物试验的单位在生产性试验结束后，可以向国务院农业行政主管部门申请领取农业转基因生物安全证书。
三、农业转基因生物生产许可证
生产转基因植物种子、种畜禽、水产苗种，应当取得国务院农业行政主管部门颁发的种子、种畜禽、水产苗种生产许可证。生产单位和个人申请转基因植物种子、种畜禽、水产苗种生产许可证。农民养殖、种植转基因动植物的，由种子、种畜禽、水产苗种销售单位代办审批手续。
取得农业转基因生物生产许可证，除应当符合有关法律、行政法规规定的条件外，还应当符合下列条件：（1）取得农业转基因生物安全证书并通过品种审定；（2）在指定的区域种植或者养殖；（3）有相应的安全管理、防范措施；（4）国务院农业行政主管部门规定的其他条件。
四、农业转基因生物经营许可证
经营转基因植物种子、种畜禽、水产苗种的单位和个人，应当取得国务院农业行政主管部门颁发的种子、种畜禽、水产苗种经营许可证。经营单位和个人申请转基因植物种子、种畜禽、水产苗种经营许可证，除应当符合有关法律、行政法规规定的条件外，还应当符合下列条件：（1）有专门的管理人员和经营档案；（2）有相应的安全管理、防范措施；（3）国务院农业行政主管部门规定的其他条件。
农业转基因生物进口与出口
（一）农业转基因生物进口
从境外引进农业转基因生物，须经国务院农业行政主管部门批准。境外公司向我国出口转基因植物种子、种畜禽、水产苗种和利用农业转基因生物生产的或者含有农业转基因生物成分的植物种子、种畜禽、水产苗种、农药、兽药、肥料和添加剂的，应当向国务院农业行政主管部门提出申请；经国务院农业行政主管部门批准并依照的规定进行中间试验、环境释放和生产性试验，生产性试验结束后，经安全评价合格，并取得农业转基因生物安全证书后，方可依照有关法律、行政法规的规定办理审定、登记或者评价、审批手续。
（二）口岸检验检疫
农业转基因生物在中华人民共和国过境转移的，货主应当事先向国家出入境检验检疫部门提出申请；经批准方可过境转移，并遵守我国有关法律、行政法规的规定。向境外出口农产品，外方要求提供非转基因农产品证明的，由口岸出入境检验检疫机构根据国务院农业行政主管部门发布的转基因农产品信息，进行检测并出具非转基因农产品证明。进口农业转基因生物，没有国务院农业行政主管部门颁发的农业转基因生物安全证书和相关批准文件的，或者与证书、批准文件不符的，作退货或者销毁处理。进口农业转基因生物不按照规定标识的，重新标识后方可入境。